Après une interruption à cause du service militaire et des difficultés familiales qui l’obligèrent à soutenir ses parents, qui avaient quitté Guebwiller pour Paris, sa mère, Lucie, l’incita néanmoins à suivre sa vocation: «  André, tu nous dis chaque jour que ton désir est de retourner au couvent : suis ta vocation. Ne te tourmente pas à notre sujet : la Providence se chargera de notre subsistance… ». Il revint au couvent, tout d’abord à Roubaix en novembre 1893 pour aider à la fondation du collège franciscain, puis rejoignit le couvent d’Amiens où il entra au noviciat le 19 mars 1895, en la fête de Saint Joseph, y recevant le nom de Frère André-Joseph. Le 25 mars 1896, il fit profession simple au couvent de Paris, rue des Fourneaux. Il y fut cuisinier. En juillet 1898 arriva au couvent le Fr. François Fogolla, missionnaire franciscain en Chine. Le pape Léon XIII venait de le nommer évêque coadjuteur de Mgr Grégoire Grassi, Vicaire Apostolique du Shanxi. Le nouvel évêque, consacré par le nonce apostolique le 24 août 1898, souhaita qu’un frère du couvent puisse le rejoindre en Chine. Il vit Fr. André-Joseph et lui proposade l’emmener, ce qu’il accepta avec joie ! C’est ainsi qu’il embarqua à Marseille avec Mgr. Fogolla, plusieurs autres Franciscains et des soeurs Franciscaines Missionnaires de Marie le 12 mars 1899 pour la Chine. Il fut envoyé à la Mission de T’ai-Yûan-Fu, dans la Province du Shanxi. Il fit profession solennelle le 21 mai 1899 en la cathédrale. La persécution s’annonçait : la révolte des Boxers éclata en janvier 1900, visant les occidentaux et les chrétiens. La Mission fut envahie. Après un simulacre de jugement où le gouverneur tenta de les faire apostasier, ils furent condamnés à mort. Les soldats et les Boxers les tuèrent en commençant par les deux évêques, ainsi que « Fr. Théodoric Balat, de la Province d’Aquitaine, Fr. André Bauer, de la Province de Paris, sept Franciscaines Missionnaires de Marie, cinq séminaristes chinois, tous tertiaires franciscains, neuf serviteurs et familiers de la mission de T’ai-Yûan-Fu, également tertiaires ». « Tous furent cruellement battus, les uns poignardés, les autres égorgés ou décapités » en haine de la foi. C’était le 9 juillet 1900. Ils furent béatifiés par le pape Pie XII le 24 novembre 1946 et canonisés par le pape Jean-Paul II le 1 er octobre 2000. Le congrès Mission, qui s’est déroulé du 1 er au 3 octobre 2021 à Strasbourg, l’a choisi comme co-patron avec sainte Thérèse de l’Enfant-Jésus.

« Ô Seigneur notre Dieu, toi qui nous donnes en exemple la conviction et l’engagement de Saint André Bauer, mets dans nos vies l’équilibre de la sienne : que je sois chez moi, dans mon partage quotidien, le simple jardinier de l’harmonie de la famille ; que je sois dehors, dans la simplicité demon service, un frère dont la vie manifeste qu’elle vient de toi et va vers toi. Par l’intercession de Saint André Bauer, éveille en nous le zèle de la foi et l’humble ardeur missionnaire pour que ton amour touche tous les cœurs. Amen »

(Prière composée pour le Congrès par la paroisse de Guebwiller)